长期施用硫酸铵、过磷酸钙等肥料会导致土壤酸化和酸害，从而导致韭菜发黄；扣棚前过量施用尿素，造成棚内氨气过多积聚，造成氨损伤；韭菜在35°C以上的高温下长时间生存，然后天气突然阴天或冷风突然侵袭，导致韭菜叶尖甚至整个叶变成白色或黄色；微量营养素缺乏或过量；受到韭蛆、葱蓟马的危害。
韭菜根的死亡可能是由疫病、韭菜蛆等病虫害引起的。韭菜虽然对环境的适应性很强，但长时间的高温或极低温、干旱等条件也会导致韭菜死根；韭菜需肥量大大，抗肥能力强，肥水管理不到位也容易造成韭菜死根。
韭菜从种植到收获一般需要3-4个月。韭菜的收获时间通常不是季节性的，播种后3-4个月就可以收获，收获时韭菜的高度要长到约15厘米。如果是是移栽的韭菜第一次收割需间隔45天左右，之后间隔20天以上可以收获。每年收获韭菜的数量取决于韭菜的生长情况、施肥情况和市场行情，冬春季拱棚韭菜可收割3茬。
